نظر به تأکید مقام معظم رهبرى در استفاده صحیح و مناسب از ظرفیت‌ هاى علمى نخبگان در راستاى توسعه کشور و لزوم حرکت انقلابى در مسیر رفع موانع و مشکلات تولید دانش و جنبش نرم ‌افزارى در جلسه دیدار برخى از نخبگان علمى کشور با ایشان در مهر ماه 1383، بنیاد ملى نخبگان کشور با تدوین اساسنامه تشکیل شد.

اساسنامه بنیاد ملى نخبگان در دولت هشتم پس از بررسى در شوراى عالى انقلاب فرهنگى به تصویب نهایى رسید.
در اساسنامه اهم وظایف بنیاد ملى نخبگان، سیاستگذارى و برنامه ریزى در محورهایى نظیر پشتیبانى مادى و معنوى از نخبگان کشور، شناسایي، هدایت و حمایت از نخبگان به منظور تولید علم در کشور، کشف، جذب و پرورش استعدادها و حمایت از شخصیت‌هاى جامع الشرایط علمى و حمایت از نخبگان براى انجام فعالیت هاى تحقیقاتى و کارآفرینى عنوان شده است.
طبق این اساسنامه، ایجاد هماهنگى میان سازمان‌ها و نهادهاى مربوط به نخبگان و نظارت بر حسن اجراى فعالیت‌‌هاى آنان از جمله دیگر وظایف این بنیاد است و تمامي دستگاه‌هاى فعال در زم‍ینه امور نخبگان زیر نظر بنیاد و در چارچوب سیاست‌ها و ضوابط مصوب آن فعالیت خواهند کرد.
ریاست هیأت امناى بنیاد ملى نخبگان بر عهده رییس جمهور است و معاون اول رییس جمهور به عنوان رییس بنیاد حضور خواهد داشت.
بر اساس اساسنامه این بنیاد، دبیر شوراى عالى انقلاب فرهنگي، وزیر علوم، تحقیقات و فناوري، وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکي، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامي، وزیر آموزش و پرورش، رییس سازمان مدیریت و برنامه‌ریزى کشور، رییس کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس شوراى اسلامي، رییس نهاد نمایندگى مقام معظم رهبرى در دانشگاه‌ها، رییس جهاد دانشگاهى ، رییس دانشگاه آزاد اسلامى سایر اعضاى حقوقى بنیاد ملى نخبگان به شمار مى آیند.